Im Jahre 1699 eröffneten diese in dem Kloster eine ordenseigene Theologische Hochschule und übernahmen das Jesuiten-Gymnasium. Im 19. Jahrhundert diente das Kirchenschiff einem in Neuss in Garnison liegenden Landwehrregiment als Militärzeughaus, also als Lagerstätte für Waffen. Daher rührt auch der Name des Gebäudeensembles. Im Jahre 1923 erfolgte der Umbau zum Theater- und Konzertsaal. Im 2. Weltkrieg wurde das Zeughaus schwer beschädigt, woraufhin eine erste Wiederherstellung erfolgte. Seit dem erneuten Umbau im Jahre 1999 ist das Zeughaus ein beliebter multifunktionaler Konzert- und Veranstaltungsort.