Im Jahre 1699 eröffneten diese in dem Kloster eine ordenseigene Theologische Hochschule und übernahmen das Jesuiten-Gymnasium. Im 19. Jahrhundert diente das Kirchenschiff einem in  Neuss in Garnison liegenden Landwehrregiment von 1826 bis 1864 als Militärzeughaus, also als Lagerstätte für Waffen, daher der Name. Im Jahre 1923 erfolgte der Umbau zum Theater- und Konzertsaal. Im 2. Weltkrieg schwer beschädigt erfolgte die erste Wiederherstellung. Seit dem erneuten Umbau 1999 ist das Zeughaus ein beliebter multifunktionaler Konzert- und Veranstaltungsort.